Los dos primeros equipos federados de la Agrupación datan de la temporada 73/74, compitiendo en categorías de infantil y alevín. El crecimiento en esta sección llega a finales de los 90 cuando por fin se estructura un equipo en categoría de cadetes.

Hoy en día ocho equipos dan vida a esta sección, una de las más laureadas del Club. Los verdes del San Juan han conseguido el campeonato en casi todas las categorías que ha disputado.

Después de largos años de esfuerzo realizado por muchos voluntarios , la Agrupación cuenta hoy en día con una de las mejores de futbol sala de Navarra donde el binomio educación-deporte es el hilo conductor del quehacer diario.