La historia comienza en 1961. Once pares de botas a cargo del ayuntamiento, un campo acondicionado con 11.000 pesetas par construir porterías y vestuarios improvisados en los bajos de las Casas de Eguaras. El San Juan todavía no era San Juan, era el Eguaras Fútbol Club.

El primer título del equipo llegó en la 73/74, temporada en la cual el equipo de boscos se impuso en la Copa Orbaiceta. Sería injusto no mencionar muchos nombre propios en esta sección: Ramón Garrido y Jesús Larumbre, Vélez y Gamboa, Gurbindo o Richard Sanzol, portero de Osasuna con más de un centenar de partidos en Primera a sus espaldas.

El primer equipo de San Juan siempre ha fluctuado entre Primera Regional y Tercera División, encontrándose actualmente en 2ª div. b categoría y asentado a lo largo de los años. Actualmente, la sección cuenta con unas modernas instalaciones con campo de fútbol, dos campos de fútbol siete y en edificio de vestuarios que da respuesta a todas sus necesidades.