La natación ha sido un valor seguro en la Agrupación Deportiva San Juan desde 1969. Desde su implantación definitiva a mediados de los 80 la natación con aletas ha asentado los cimientos de una sección muy fuerte y competitiva hasta el punto de tener plusmarquistas a nivel continental.

Desde 1990 los equipos de la ASDJ han tenido grandes resultados y algunos de nuestros nadadores se convirtieron, y se siguen convirtiendo en fijos de las selecciones nacionales representando al club en los campeonatos internacionales de mayor calado.

Nadadores como Unai Mezquiriz, Pablo Castillo, Javier Soto, Aitziber Juaniz o Itziar Arza han sido referentes nacionales en sus especialidades.

Año tras año se siguen uniendo al equipo nuevos miembros que siguen destacando hoy en día a nivel nacional (Xabier Sanz, Aritz Equisoain,…) y algunos incluso a nivel internacional, como Jon Miqueo que incluso ha participado en campeonatos a nivel europeo y mundial.