La sección de padel es una de las más recientes en la historia de la Agrupación. Este deporte, de moda desde hace unos años, ha aterrizado con mucha fuerza en San Juan, donde cuenta ya con un gran número de adeptos, tanto federados como personas que acuden a jugar.

La creación de las nuevas instalaciones supuso el comienzo de esta sección gracias a las tres pistas cubiertas del nuevo edificio. Posteriormente, se crearon más pistas descubiertas para cubrir las necesidades de una demanda creciente.

Al igual que en otras secciones,existen varios equipos masculinos y femeninos representando a la agrupación en las competiciones de la Federación Navarra de pádel. También existe un ranking propio gestionando por Alejandro Capitani en el que compiten alrededor de 90 parejas.