San Juan estuvo presente por medio de la Selección Navarra de fútbol sala en el Campeonato de España de selecciones autonómicas masculinas Sub 19 y Sub 16. En ambas categorías los integrantes de la Agrupación rindieron a buen nivel.
La sub 19 ofreció un gran papel ganando a Ceuta, a La Rioja y a la todo poderosa y anfitriona Murcia. Por el contrario cayeron derritados por la mínima ante la selección de Canarias. Fue el golaveraje quien les ha impedido disputar la fase final del campeonato. Izai Contín Casado, Adrián Alonso, Simón Roda Casado y Jon Carlosena Hualde acudieron en representación de la Agrupación.
En cuanto a la Sub 16, ésta ofreció un papel mas discreto empatando con Canarias y perdiendo por la mínima ante Murcia y Ceuta. Carlos Larrayoz Saiz, Iván Viedma Gamarra y Eneko Pérez Gómez fueron los representantes de San Juan.
La A D San Juan es el club que más jugadores aporta a las selecciones navarras de FS. masculino.